1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
|
1 1 3
db4.dat
ALANINE
ALA
ALA INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C3 E 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
9 O O E 8 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
DONE
GLYCINE
GLY
GLY INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CQ M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 C C M 6 4 3 1.522 110.400 180.000 0.50000
8 O O E 7 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
DONE
SERINE
SER
SER INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.26500
8 OG OH S 7 6 4 1.430 109.470 180.000 -0.70000
9 HOG HO E 8 7 6 0.960 109.470 180.000 0.43500
10 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
11 O O E 10 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
DONE
THREONINE
THR
THR INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB CZ B 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.26500
8 CG2 C3 E 7 6 4 1.525 109.470 300.000 0.00000
9 OG1 OH S 7 6 4 1.430 109.470 60.000 -0.70000
10 HOG HO E 9 7 6 0.960 109.470 180.000 0.43500
11 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
12 O O E 11 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CG2 CB CA OG1
DONE
LEUCINE
LEU
LEU INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG CZ B 7 6 4 1.525 109.470 180.000 0.00000
9 CD1 C3 E 8 7 6 1.525 109.470 60.000 0.00000
10 CD2 C3 E 8 7 6 1.525 109.470 180.000 0.00000
11 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
12 O O E 11 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CD1 CG CB CD2
DONE
ISOLEUCINE
ILE
ILE INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB CZ B 6 4 3 1.525 109.470 60.000 0.00000
8 CG2 C3 E 7 6 4 1.525 109.470 60.000 0.00000
9 CG1 C2 S 7 6 4 1.525 109.470 180.000 0.00000
10 CD1 CV E 9 7 6 1.525 109.470 180.000 0.00000
11 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
12 O O E 11 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CG2 CB CA CG1
DONE
VALINE
VAL
VAL INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB CZ B 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG1 C3 E 7 6 4 1.525 109.470 60.000 0.00000
9 CG2 C3 E 7 6 4 1.525 109.470 180.000 0.00000
10 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
11 O O E 10 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CG1 CB CA CG2
DONE
ASPARAGINE
ASN
ASN INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG C B 7 6 4 1.522 111.100 180.000 0.50000
9 OD1 O E 8 7 6 1.229 120.500 0.000 -0.50000
10 ND2 N B 8 7 6 1.335 116.600 180.000 -0.85000
11 HND1 H E 10 8 7 1.010 119.800 0.000 0.42500
12 HND2 H E 10 8 7 1.010 119.800 180.000 0.42500
13 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
14 O O E 13 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CB ND2 CG OD1
CG HND1 ND2 HND2
DONE
GLUTAMINE
GLN
GLN INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG C2 S 7 6 4 1.525 109.470 180.000 0.00000
9 CD C B 8 7 6 1.522 111.100 180.000 0.50000
10 OE1 O E 9 8 7 1.229 120.500 0.000 -0.50000
11 NE2 N B 9 8 7 1.335 116.600 180.000 -0.85000
12 HNE1 H E 11 9 8 1.010 119.800 0.000 0.42500
13 HNE2 H E 11 9 8 1.010 119.800 180.000 0.42500
14 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
15 O O E 14 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CG NE2 CD OE1
CD HNE1 NE2 HNE2
DONE
PHENYLALANINE, ALL ATOM AROMATIC PARAMETERS
PHE
PHE INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.11500
8 CG CK S 7 6 4 1.510 115.000 180.000 -0.11500
9 CD1 CK B 8 7 6 1.400 120.000 180.000 -0.11500
10 HD1 HK E 9 8 7 1.090 120.000 0.000 0.11500
11 CE1 CK B 9 8 7 1.400 120.000 180.000 -0.11500
12 HE1 HK E 11 9 8 1.090 120.000 180.000 0.11500
13 CZ CK B 11 9 8 1.400 120.000 0.000 -0.11500
14 HZ HK E 13 11 9 1.090 120.000 180.000 0.11500
15 CE2 CK B 13 11 9 1.400 120.000 0.000 -0.11500
16 HE2 HK E 15 13 11 1.090 120.000 180.000 0.11500
17 CD2 CK S 15 13 11 1.400 120.000 0.000 -0.11500
18 HD2 HK E 17 15 13 1.090 120.000 180.000 0.11500
19 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
20 O O E 19 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
LOOP
CG CD2
DONE
PHENYLALANINE, UNITED ATOM AROMATIC PARAMETERS
PHU
PHU INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG CA S 7 6 4 1.510 115.000 180.000 0.00000
9 CD1 CD S 8 7 6 1.400 120.000 180.000 0.00000
10 CE1 CD S 9 8 7 1.400 120.000 180.000 0.00000
11 CZ CD S 10 9 8 1.400 120.000 0.000 0.00000
12 CE2 CD S 11 10 9 1.400 120.000 0.000 0.00000
13 CD2 CD E 12 11 10 1.400 120.000 0.000 0.00000
14 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
15 O O E 14 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
LOOP
CG CD2
DONE
TYROSINE, ALL ATOM AROMATIC PARAMETERS
TYR
TYR INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.11500
8 CG CK S 7 6 4 1.510 109.470 180.000 -0.11500
9 CD1 CK B 8 7 6 1.400 120.000 180.000 -0.11500
10 HD1 HK E 9 8 7 1.090 120.000 0.000 0.11500
11 CE1 CK B 9 8 7 1.400 120.000 180.000 -0.11500
12 HE1 HK E 11 9 8 1.090 120.000 180.000 0.11500
13 CZ CK B 11 9 8 1.400 120.000 0.000 0.15000
14 OH OH S 13 11 9 1.360 120.000 180.000 -0.58500
15 HOH HO E 14 13 11 0.960 113.000 0.000 0.43500
16 CE2 CK B 13 11 9 1.400 120.000 0.000 -0.11500
17 HE2 HK E 16 13 11 1.090 120.000 180.000 0.11500
18 CD2 CK S 16 13 11 1.400 120.000 0.000 -0.11500
19 HD2 HK E 18 16 13 1.090 120.000 180.000 0.11500
20 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
21 O O E 20 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
LOOP
CG CD2
DONE
TYROSINE, UNITED ATOM AROMATIC PARAMETERS
TYU
TYU INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG CA S 7 6 4 1.510 109.470 180.000 0.00000
9 CD1 CD S 8 7 6 1.400 120.000 180.000 0.00000
10 CE1 CD S 9 8 7 1.400 120.000 180.000 0.00000
11 CZ CA B 10 9 8 1.400 120.000 0.000 0.26500
12 OH OH S 11 10 9 1.360 120.000 180.000 -0.70000
13 HOH HO E 12 11 10 0.960 113.000 0.000 0.43500
14 CE2 CD S 11 10 9 1.400 120.000 0.000 0.00000
15 CD2 CD E 14 11 10 1.400 120.000 0.000 0.00000
16 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
17 O O E 16 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
LOOP
CG CD2
DONE
GLUTAMIC ACID
GLU
GLU INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG C2 S 7 6 4 1.510 109.470 180.000 -0.10000
9 CD C B 8 7 6 1.527 109.470 180.000 0.70000
10 OE1 O2 E 9 8 7 1.260 117.200 90.000 -0.80000
11 OE2 O2 E 9 8 7 1.260 117.200 270.000 -0.80000
12 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
13 O O E 12 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CG OE1 CD OE2
DONE
ASPARTIC ACID
ASP
ASP INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 -0.10000
8 CG C B 7 6 4 1.527 109.470 180.000 0.70000
9 OD1 O2 E 8 7 6 1.260 117.200 90.000 -0.80000
10 OD2 O2 E 8 7 6 1.260 117.200 270.000 -0.80000
11 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
12 O O E 11 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CB OD1 CG OD2
DONE
LYSINE
LYS
LYS INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG C2 S 7 6 4 1.525 109.470 180.000 0.00000
9 CD C2 S 8 7 6 1.525 109.470 180.000 0.00000
10 CE C2 S 9 8 7 1.525 109.470 180.000 0.31000
11 NZ N3 3 10 9 8 1.470 109.470 180.000 -0.30000
12 HNZ1 H3 E 11 10 9 1.010 109.470 60.000 0.33000
13 HNZ2 H3 E 11 10 9 1.010 109.470 180.000 0.33000
14 HNZ3 H3 E 11 10 9 1.010 109.470 300.000 0.33000
15 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
16 O O E 15 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
DONE
PROLINE
PRO
PRO INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.337 117.000 180.000 -0.57000
5 CD CQ S 4 3 2 1.458 126.100 356.100 0.28500
6 CG C2 S 5 4 3 1.500 103.200 200.100 0.00000
7 CB C2 E 6 5 4 1.510 106.000 338.300 0.00000
8 CA CH M 4 3 2 1.451 120.600 175.200 0.28500
9 C C M 8 4 3 1.522 111.100 0.000 0.50000
10 O O E 9 8 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
CA +M C O
CB CA N C
-M CA N CD
LOOP
CB CA
DONE
CYSTEINE
CYS
CYS INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.18000
8 SG SH S 7 6 4 1.810 116.000 180.000 -0.45000
9 HG HS E 8 7 6 1.330 96.000 180.000 0.27000
10 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
11 O O E 10 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
DONE
CYSTINE(S-S BRIDGE)
CYX
CYX INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB CQ S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.30000
8 SG S E 7 6 4 1.810 116.000 180.000 -0.30000
9 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
10 O O E 9 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
DONE
METHIONINE
MET
MET INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG CQ S 7 6 4 1.525 109.470 180.000 0.23500
9 SD S S 8 7 6 1.810 110.000 180.000 -0.47000
10 CE CW E 9 8 7 1.780 100.000 180.000 0.23500
11 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
12 O O E 11 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
DONE
O MINUS END ATOM
OME
OME INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.000 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.000 90.000 0.000 0.00000
4 OXT O2 E 3 2 1 1.260 117.200 180.000 -0.80000
DONE
ACE BEGINNING GROUP
ACE
ACE INT 1
CORR NOMI DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.000 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.000 90.000 0.000 0.00000
4 CH3 C3 M 3 2 1 1.000 90.000 180.000 0.00000
5 C C M 4 3 2 1.530 111.100 180.000 0.50000
6 O O E 5 4 3 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
CH3 +M C O
DONE
WATER, TIP3P MODEL
WT3
WT3 INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.000 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.000 90.000 0.000 0.00000
4 HW1 HT M 3 2 1 1.000 101.430 -98.890 0.41700
5 OW OT M 4 3 2 0.9572 104.520 -39.220 -0.83400
6 HW2 HT E 5 4 3 0.9572 104.520 -151.000 0.41700
DONE
WATER, TIP4P MODEL
WT4
WT4 INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.000 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.000 90.000 0.000 0.00000
4 HW1 H4 M 3 2 1 1.000 101.430 -98.890 0.52000
5 OW O4 M 4 3 2 0.9572 104.520 -39.220 0.00000
6 HW2 H4 E 5 4 3 0.9572 104.520 -151.000 0.52000
7 M M4 E 5 4 3 0.150 52.260 -151.000 -1.04000
DONE
TERMINAL METHYL AMIDE, OPLS MODEL
AME
AME INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 NT N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CT CW E 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
DONE
ARGININE
ARG
ARG INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG C2 S 7 6 4 1.525 109.470 180.000 0.07000
9 CD C2 S 8 7 6 1.525 109.470 180.000 0.31000
10 NE N2 B 9 8 7 1.480 111.000 180.000 -0.70000
11 HNE H3 E 10 9 8 1.010 118.500 0.000 0.44000
12 CZ C4 B 10 9 8 1.330 123.000 180.000 0.64000
13 NH1 N2 B 12 10 9 1.330 122.000 0.000 -0.80000
14 HN11 H3 E 13 12 10 1.010 119.800 0.000 0.46000
15 HN12 H3 E 13 12 10 1.010 119.800 180.000 0.46000
16 NH2 N2 B 12 10 9 1.330 118.000 180.000 -0.80000
17 HN21 H3 E 16 12 10 1.010 119.800 0.000 0.46000
18 HN22 H3 E 16 12 10 1.010 119.800 180.000 0.46000
19 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
20 O O E 19 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
NE NH1 CZ NH2
DONE
HISTIDINE DELTAH, ALL ATOM AROMATIC PARAMETERS
HID
HID INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.11500
8 CG CK S 7 6 4 1.510 115.000 180.000 0.01500
9 ND1 NA B 8 7 6 1.390 122.000 180.000 -0.57000
10 HND H E 9 8 7 1.010 126.000 0.000 0.42000
11 CE1 CK B 9 8 7 1.320 108.000 180.000 0.29500
12 HE HK E 11 9 8 1.090 120.000 180.000 0.11500
13 NE2 NB S 11 9 8 1.310 109.000 0.000 -0.49000
14 CD2 CK S 13 11 9 1.360 110.000 0.000 -0.01500
15 HD HK E 14 13 11 1.090 120.000 180.000 0.11500
16 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
17 O O E 16 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CG CE1 ND1 HND
LOOP
CG CD2
DONE
HISTIDINE EPSILONH, ALL ATOM AROMATIC PARAMETERS
HIE
HIE INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.11500
8 CG CK S 7 6 4 1.510 115.000 180.000 -0.01500
9 ND1 NB S 8 7 6 1.390 122.000 180.000 -0.49000
10 CE1 CK B 9 8 7 1.320 108.000 180.000 0.29500
11 HE HK E 10 9 8 1.090 120.000 180.000 0.11500
12 NE2 NA B 10 9 8 1.310 109.000 0.000 -0.57000
13 HNE H E 12 10 9 1.010 125.000 180.000 0.42000
14 CD2 CK S 12 10 9 1.360 110.000 0.000 0.01500
15 HD HK E 14 12 10 1.090 120.000 180.000 0.11500
16 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
17 O O E 16 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CE1 CD2 NE2 HNE
LOOP
CG CD2
DONE
HISTIDINE PLUS, ALL ATOM AROMATIC PARAMETERS
HIP
HIP INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.11500
8 CG CK S 7 6 4 1.510 115.000 180.000 0.21500
9 ND1 NA B 8 7 6 1.390 122.000 180.000 -0.54000
10 HND H E 9 8 7 1.010 126.000 0.000 0.46000
11 CE1 CK B 9 8 7 1.320 108.000 180.000 0.38500
12 HE HK E 11 9 8 1.090 120.000 180.000 0.11500
13 NE2 NA B 11 9 8 1.310 109.000 0.000 -0.54000
14 HNE H E 13 11 9 1.010 125.000 180.000 0.46000
15 CD2 CK S 13 11 9 1.360 110.000 0.000 0.21500
16 HD HK E 15 13 11 1.090 120.000 180.000 0.11500
17 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
18 O O E 17 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CG CE1 ND1 HND
CE1 CD2 NE2 HNE
LOOP
CG CD2
DONE
TRYPTOPHAN, ALL ATOM AROMATIC PARAMETERS
TRP
TRP INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.11500
8 CG CK S 7 6 4 1.510 115.000 180.000 -0.17000
9 CD1 CK B 8 7 6 1.340 127.000 180.000 0.01500
10 HD HK E 9 8 7 1.090 120.000 0.000 0.11500
11 NE1 NA B 9 8 7 1.430 107.000 180.000 -0.57000
12 HNE H E 11 9 8 1.010 125.500 180.000 0.42000
13 CE2 CN S 11 9 8 1.310 109.000 0.000 0.13000
14 CZ2 CK B 13 11 9 1.400 128.000 180.000 -0.11500
15 HZ1 HK E 14 13 11 1.090 120.000 0.000 0.11500
16 CH2 CK B 14 13 11 1.390 116.000 180.000 -0.11500
17 HH HK E 16 14 13 1.090 120.000 180.000 0.11500
18 CZ3 CK B 16 14 13 1.350 121.000 0.000 -0.11500
19 HZ2 HK E 18 16 14 1.090 120.000 180.000 0.11500
20 CE3 CK B 18 16 14 1.410 122.000 0.000 -0.11500
21 HE HK E 20 18 16 1.090 120.000 180.000 0.11500
22 CD2 CB E 20 18 16 1.400 117.000 0.000 -0.05500
23 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
24 O O E 23 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
CD1 CE2 NE1 HNE
CE2 CH2 CZ2 HZ1
CZ2 CZ3 CH2 HH
CH2 CE3 CZ3 HZ2
CZ3 CD2 CE3 HE
LOOP
CG CD2
CE2 CD2
DONE
HISTIDINE DELTAH, UNITED ATOM AROMATIC PARAMETERS
HDU
HDU INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG CC S 7 6 4 1.510 115.000 180.000 0.13000
9 ND1 NA B 8 7 6 1.390 122.000 180.000 -0.57000
10 HND H E 9 8 7 1.010 126.000 0.000 0.42000
11 CE1 CP S 9 8 7 1.320 108.000 180.000 0.41000
12 NE2 NB S 11 9 8 1.310 109.000 0.000 -0.49000
13 CD2 CF E 12 11 9 1.360 110.000 0.000 0.10000
14 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
15 O O E 14 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
LOOP
CG CD2
DONE
HISTIDINE EPSILONH, UNITED ATOM AROMATIC PARAMETERS
HEU
HEU INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG CC S 7 6 4 1.510 115.000 180.000 0.10000
9 ND1 NB S 8 7 6 1.390 122.000 180.000 -0.49000
10 CE1 CP S 9 8 7 1.320 108.000 180.000 0.41000
11 NE2 NA B 10 9 8 1.310 109.000 0.000 -0.57000
12 HNE H E 11 10 9 1.010 125.000 180.000 0.42000
13 CD2 CG E 11 10 9 1.360 110.000 0.000 0.13000
14 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
15 O O E 14 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
LOOP
CG CD2
DONE
HISTIDINE PLUS, UNITED ATOM AROMATIC PARAMETERS
HPU
HPU INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG CC S 7 6 4 1.510 115.000 180.000 0.33000
9 ND1 NA B 8 7 6 1.390 122.000 180.000 -0.54000
10 HND H E 9 8 7 1.010 126.000 0.000 0.46000
11 CE1 CP S 9 8 7 1.320 108.000 180.000 0.50000
12 NE2 NA B 11 9 8 1.310 109.000 0.000 -0.54000
13 HNE H E 12 11 9 1.010 125.000 180.000 0.46000
14 CD2 CG E 12 11 9 1.360 110.000 0.000 0.33000
15 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
16 O O E 15 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
LOOP
CG CD2
DONE
TRYPTOPHAN, UNITED ATOM AROMATIC PARAMETERS
TRU
TRU INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C2 S 6 4 3 1.525 111.100 60.000 0.00000
8 CG C* S 7 6 4 1.510 115.000 180.000 -0.05500
9 CD1 CG S 8 7 6 1.340 127.000 180.000 0.13000
10 NE1 NA B 9 8 7 1.430 107.000 180.000 -0.57000
11 HNE H E 10 9 8 1.010 125.500 180.000 0.42000
12 CE2 CN S 10 9 8 1.310 109.000 0.000 0.13000
13 CZ2 CD S 12 10 9 1.400 128.000 180.000 0.00000
14 CH2 CD S 13 12 10 1.390 116.000 180.000 0.00000
15 CZ3 CD S 14 13 12 1.350 121.000 0.000 0.00000
16 CE3 CD S 15 14 13 1.410 122.000 0.000 0.00000
17 CD2 CB E 16 15 14 1.400 117.000 0.000 -0.05500
18 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
19 O O E 18 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
LOOP
CG CD2
CE2 CD2
DONE
D-ALANINE
DAL
DAL INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 0.000 0.000 0.00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 0.000 0.000 0.00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.100 0.000 0.00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.57000
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.37000
6 CA CH M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.20000
7 CB C3 E 6 4 3 1.525 111.100 -60.000 0.00000
8 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.50000
9 O O E 8 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50000
IMPROPER
-M CA N HN
CA +M C O
CB CA N C
DONE
STOP
|
