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#include <wx/log.h>
#include <map>
#include <string>
using namespace std;
#include "AtomColor.h"
static std::map<std::string,float> E2RC; // covalent radius
static std::map<std::string,float> E2R; // radius
static std::map<std::string,int> E2C; // colors
static void InitTables(){
if(E2RC.size()==0)
{
/// according to http://www.umass.edu/microbio/rasmol/rasbonds.htm
E2RC[" H"]= 0.320f;
E2RC[" C"]= 0.720f;
E2RC[" N"]= 0.680f;
E2RC[" O"]= 0.680f;
E2RC[" P"]= 1.036f;
E2RC[" S"]= 1.020f;
E2RC["CA"]= 0.992f;
E2RC["FE"]= 1.420f;
E2RC["ZN"]= 1.448f;
E2RC["CD"]= 1.688f; // What is CD anyway?
E2RC[" I"]= 1.400f;
}
if(E2R.size()==0)
{
// according to http://www.imb-jena.de/ImgLibDoc/glossary/IMAGE_VDWR.html
//E2R["H"]= 1.20f;
//E2R["C"]= 1.70f;
//E2R["N"]= 1.55f;
//E2R["O"]= 1.52f;
E2R[" F"]= 1.47f;
//E2R["P"]= 1.80f;
//E2R["S"]= 1.80f;
E2R["CL"]= 1.89f;
/// according to http://www.umass.edu/microbio/rasmol/rasbonds.htm
E2R[" H"]= 1.100f;
E2R[" C"]= 1.548f; // was changed to 1.400 for some reason 1.548 is the reported value
E2R[" N"]= 1.400f;
E2R[" O"]= 1.348f;
E2R[" P"]= 1.880f;
E2R[" S"]= 1.808f;
E2R["CA"]= 1.948f;
E2R["FE"]= 1.948f;
E2R["ZN"]= 1.148f;
E2R["CD"]= 1.748f;
E2R[" I"]= 1.748f;
}
if(E2C.size()==0)
{
E2C[" H"] = /*[255,255,255]*/ 0xFFFFFF /* 0xFFFFFF */ ;
E2C["HE"]= /*[217,255,255]*/ 0xFFC0CB /* 0xD9FFFF */ ;
E2C["LI"]= /*[204,128,255]*/ 0xB22222 /* 0xCC80FF */ ;
E2C["BE"]= /*[194,255, 0]*/ 0xFF1493 /* 0xC2FF00 */ ;
E2C[" B"] = /*[255,181,181]*/ 0x00FF00 /* 0xFFB5B5 */ ;
E2C[" C"] = /*[144,144,144]*/ 0x808080 /* 0x909090 */ ;
E2C[" N"] = /*[ 48, 80,248]*/ 0x8F8FFF /* 0x3050F8 */ ;
E2C[" O"] = /*[255, 13, 13]*/ 0xF00000 /* 0xFF0D0D */ ;
E2C[" F"] = /*[144,224, 80]*/ 0xDAA520 /* 0x90E050 */ ;
E2C["NE"]= /*[179,227,245]*/ 0xFF1493 /* 0xB3E3F5 */ ;
E2C["NA"]= /*[171, 92,242]*/ 0x0000FF /* 0xAB5CF2 */ ;
E2C["MG"]= /*[138,255, 0]*/ 0x228B22 /* 0x8AFF00 */ ;
E2C["AL"]= /*[191,166,166]*/ 0x808090 /* 0xBFA6A6 */ ;
E2C["SI"]= /*[240,200,160]*/ 0xDAA520 /* 0xF0C8A0 */ ;
E2C[" P"] = /*[255,128, 0]*/ 0xFFA500 /* 0xFF8000 */ ;
E2C[" S"] = /*[255,255, 48]*/ 0xFFC832 /* 0xFFFF30 */ ;
E2C["CL"]= /*[ 31,240, 31]*/ 0x00FF00 /* 0x1FF01F */ ;
E2C["AR"]= /*[128,209,227]*/ 0xFF1493 /* 0x80D1E3 */ ;
E2C["K"] = /*[143, 64,212]*/ 0xFF1493 /* 0x8F40D4 */ ;
E2C["CA"]= /*[ 61,255, 0]*/ 0x808090 /* 0x3DFF00 */ ;
E2C["SC"]= /*[230,230,230]*/ 0xFF1493 /* 0xE6E6E6 */ ;
E2C["TI"]= /*[191,194,199]*/ 0x808090 /* 0xBFC2C7 */ ;
E2C[" V"] = /*[166,166,171]*/ 0xFF1493 /* 0xA6A6AB */ ;
E2C["CR"]= /*[138,153,199]*/ 0x808090 /* 0x8A99C7 */ ;
E2C["MN"]= /*[156,122,199]*/ 0x808090 /* 0x9C7AC7 */ ;
E2C["FE"]= /*[224,102, 51]*/ 0xFFA500 /* 0xE06633 */ ;
E2C["CO"]= /*[240,144,160]*/ 0xFF1493 /* 0xF090A0 */ ;
E2C["NI"]= /*[ 80,208, 80]*/ 0xA52A2A /* 0x50D050 */ ;
E2C["CU"]= /*[200,128, 51]*/ 0xA52A2A /* 0xC88033 */ ;
E2C["ZN"]= /*[125,128,176]*/ 0xA52A2A /* 0x7D80B0 */ ;
E2C["GA"]= /*[194,143,143]*/ 0xFF1493 /* 0xC28F8F */ ;
E2C["GE"]= /*[102,143,143]*/ 0xFF1493 /* 0x668F8F */ ;
E2C["AS"]= /*[189,128,227]*/ 0xFF1493 /* 0xBD80E3 */ ;
E2C["SE"]= /*[255,161, 0]*/ 0xFF1493 /* 0xFFA100 */ ;
E2C["BR"]= /*[166, 41, 41]*/ 0xA52A2A /* 0xA62929 */ ;
E2C["KR"]= /*[ 92,184,209]*/ 0xFF1493 /* 0x5CB8D1 */ ;
E2C["RB"]= /*[112, 46,176]*/ 0xFF1493 /* 0x702EB0 */ ;
E2C["SR"]= /*[ 0,255, 0]*/ 0xFF1493 /* 0x00FF00 */ ;
E2C[" Y"] = /*[148,255,255]*/ 0xFF1493 /* 0x94FFFF */ ;
E2C["ZR"]= /*[148,224,224]*/ 0xFF1493 /* 0x94E0E0 */ ;
E2C["NB"]= /*[115,194,201]*/ 0xFF1493 /* 0x73C2C9 */ ;
E2C["MO"]= /*[ 84,181,181]*/ 0xFF1493 /* 0x54B5B5 */ ;
E2C["TC"]= /*[ 59,158,158]*/ 0xFF1493 /* 0x3B9E9E */ ;
E2C["RU"]= /*[ 36,143,143]*/ 0xFF1493 /* 0x248F8F */ ;
E2C["RH"]= /*[ 10,125,140]*/ 0xFF1493 /* 0x0A7D8C */ ;
E2C["PD"]= /*[ 0,105,133]*/ 0xFF1493 /* 0x006985 */ ;
E2C["AG"]= /*[192,192,192]*/ 0x808090 /* 0xC0C0C0 */ ;
E2C["CD"]= /*[255,217,143]*/ 0xFF1493 /* 0xFFD98F */ ;
E2C["IN"]= /*[166,117,115]*/ 0xFF1493 /* 0xA67573 */ ;
E2C["SN"]= /*[102,128,128]*/ 0xFF1493 /* 0x668080 */ ;
E2C["SB"]= /*[158, 99,181]*/ 0xFF1493 /* 0x9E63B5 */ ;
E2C["TE"]= /*[212,122, 0]*/ 0xFF1493 /* 0xD47A00 */ ;
E2C[" I"] = /*[148, 0,148]*/ 0xA020F0 /* 0x940094 */ ;
E2C["XE"]= /*[ 66,158,176]*/ 0xFF1493 /* 0x429EB0 */ ;
E2C["CS"]= /*[ 87, 23,143]*/ 0xFF1493 /* 0x57178F */ ;
E2C["BA"]= /*[ 0,201, 0]*/ 0xFFA500 /* 0x00C900 */ ;
E2C["LA"]= /*[112,212,255]*/ 0xFF1493 /* 0x70D4FF */ ;
E2C["CE"]= /*[255,255,199]*/ 0xFF1493 /* 0xFFFFC7 */ ;
E2C["PR"]= /*[217,255,199]*/ 0xFF1493 /* 0xD9FFC7 */ ;
E2C["ND"]= /*[199,255,199]*/ 0xFF1493 /* 0xC7FFC7 */ ;
E2C["PM"]= /*[163,255,199]*/ 0xFF1493 /* 0xA3FFC7 */ ;
E2C["SM"]= /*[143,255,199]*/ 0xFF1493 /* 0x8FFFC7 */ ;
E2C["EU"]= /*[ 97,255,199]*/ 0xFF1493 /* 0x61FFC7 */ ;
E2C["GD"]= /*[ 69,255,199]*/ 0xFF1493 /* 0x45FFC7 */ ;
E2C["TB"]= /*[ 48,255,199]*/ 0xFF1493 /* 0x30FFC7 */ ;
E2C["DY"]= /*[ 31,255,199]*/ 0xFF1493 /* 0x1FFFC7 */ ;
E2C["HO"]= /*[ 0,255,156]*/ 0xFF1493 /* 0x00FF9C */ ;
E2C["ER"]= /*[ 0,230,117]*/ 0xFF1493 /* 0x00E675 */ ;
E2C["TM"]= /*[ 0,212, 82]*/ 0xFF1493 /* 0x00D452 */ ;
E2C["YB"]= /*[ 0,191, 56]*/ 0xFF1493 /* 0x00BF38 */ ;
E2C["LU"]= /*[ 0,171, 36]*/ 0xFF1493 /* 0x00AB24 */ ;
E2C["HF"]= /*[ 77,194,255]*/ 0xFF1493 /* 0x4DC2FF */ ;
E2C["TA"]= /*[ 77,166,255]*/ 0xFF1493 /* 0x4DA6FF */ ;
E2C[" W"] = /*[ 33,148,214]*/ 0xFF1493 /* 0x2194D6 */ ;
E2C["RE"]= /*[ 38,125,171]*/ 0xFF1493 /* 0x267DAB */ ;
E2C["OS"]= /*[ 38,102,150]*/ 0xFF1493 /* 0x266696 */ ;
E2C["IR"]= /*[ 23, 84,135]*/ 0xFF1493 /* 0x175487 */ ;
E2C["PT"]= /*[208,208,224]*/ 0xFF1493 /* 0xD0D0E0 */ ;
E2C["AU"]= /*[255,209, 35]*/ 0xDAA520 /* 0xFFD123 */ ;
E2C["HG"]= /*[184,184,208]*/ 0xFF1493 /* 0xB8B8D0 */ ;
E2C["TL"]= /*[166, 84, 77]*/ 0xFF1493 /* 0xA6544D */ ;
E2C["PB"]= /*[ 87, 89, 97]*/ 0xFF1493 /* 0x575961 */ ;
E2C["BI"]= /*[158, 79,181]*/ 0xFF1493 /* 0x9E4FB5 */ ;
E2C["PO"]= /*[171, 92, 0]*/ 0xFF1493 /* 0xAB5C00 */ ;
E2C["AT"]= /*[117, 79, 69]*/ 0xFF1493 /* 0x754F45 */ ;
E2C["RN"]= /*[ 66,130,150]*/ 0xFF1493 /* 0x428296 */ ;
E2C["FR"]= /*[ 66, 0,102]*/ 0xFF1493 /* 0x420066 */ ;
E2C["RA"]= /*[ 0,125, 0]*/ 0xFF1493 /* 0x007D00 */ ;
E2C["AC"]= /*[112,171,250]*/ 0xFF1493 /* 0x70ABFA */ ;
E2C["TH"]= /*[ 0,186,255]*/ 0xFF1493 /* 0x00BAFF */ ;
E2C["PA"]= /*[ 0,161,255]*/ 0xFF1493 /* 0x00A1FF */ ;
E2C[" U"] = /*[ 0,143,255]*/ 0xFF1493 /* 0x008FFF */ ;
E2C["NP"]= /*[ 0,128,255]*/ 0xFF1493 /* 0x0080FF */ ;
E2C["PU"]= /*[ 0,107,255]*/ 0xFF1493 /* 0x006BFF */ ;
E2C["AM"]= /*[ 84, 92,242]*/ 0xFF1493 /* 0x545CF2 */ ;
E2C["CM"]= /*[120, 92,227]*/ 0xFF1493 /* 0x785CE3 */ ;
E2C["BK"]= /*[138, 79,227]*/ 0xFF1493 /* 0x8A4FE3 */ ;
E2C["CF"]= /*[161, 54,212]*/ 0xFF1493 /* 0xA136D4 */ ;
E2C["ES"]= /*[179, 31,212]*/ 0xFF1493 /* 0xB31FD4 */ ;
E2C["FM"]= /*[179, 31,186]*/ 0xFF1493 /* 0xB31FBA */ ;
E2C["MD"]= /*[179, 13,166]*/ 0xFF1493 /* 0xB30DA6 */ ;
E2C["NO"]= /*[189, 13,135]*/ 0xFF1493 /* 0xBD0D87 */ ;
E2C["LR"]= /*[199, 0,102]*/ 0xFF1493 /* 0xC70066 */ ;
E2C["RF"]= /*[204, 0, 89]*/ 0xFF1493 /* 0xCC0059 */ ;
E2C["DB"]= /*[209, 0, 79]*/ 0xFF1493 /* 0xD1004F */ ;
E2C["SG"]= /*[217, 0, 69]*/ 0xFF1493 /* 0xD90045 */ ;
E2C["BH"]= /*[224, 0, 56]*/ 0xFF1493 /* 0xE00038 */ ;
E2C["HS"]= /*[230, 0, 46]*/ 0xFF1493 /* 0xE6002E */ ;
E2C["MT"]= /*[235, 0, 38]*/ 0xFF1493 /* 0xEB0026 */ ;
}
}
bool addAtomType(char* namei, int unused, float radius, float radiusC, int r, int g, int b){
InitTables();
// upperCase(name);
std::string name(namei);
int i=0;
while (name[i]) {
if ((name[i]>='a') && (name[i]<='z')) name[i]=name[i]-'a'+'A'; //else name[i]=namei[i];
i++;
}
if (radius<0.01) radius=0.01;
E2R[name]=radius;
E2C[name]=(r<<16)+(g<<8)+b;
if (radiusC<0.01) radiusC=0.01;
E2RC[name]=radiusC;
// note: covalent radius does not get updated. If needed,
#if 0 // write a log of added atom types
static FILE* f=NULL;
if (f==NULL) { f=fopen("AddedAtomsLog.txt","wt"); };
fprintf(f,"Added '%s' %d %f %f (%d %d %d)\n",name,unused,radius,radiusR, r,g,b);
fflush(f);
#endif
return true;
}
// Adds Pseudo Atoms types used by Nanorex. No longer used as this data is read
// from the ART file now.
/*
static void AddPseudoAtoms(){
addAtomType("Ax5", 200 , 5.0 , 4.0, 102 ,102 , 204 ); // Axis
addAtomType("Ae5", 204 , 3.5 , 2.5, 102 ,102 , 204 ); // Axis-end
addAtomType("Ss5", 201 , 4.0 , 3.0, 102 ,204 , 102 ); // Strand sugar
addAtomType("Sj5", 203 , 4.0 , 3.0, 102 ,204 , 204 ); // Strand junction
addAtomType("Pl5", 202 , 3.2 , 2.2, 102 ,26 , 128 ); // Phosphorous link
addAtomType("Pe5", 205 , 3.0 , 2.0, 102 ,26 , 128 ); // Phosphorous end
addAtomType("Sh5", 206 , 2.5 , 1.5, 102 ,204 , 102 ); // Sugar hydroxyl
addAtomType("Hp5", 207 , 4.0 , 3.0, 77 ,179 , 77 ); // Hairpin
addAtomType(" X", 0 , 1.1 , 0.1, 255*8/10 ,0 ,0 ); // Bondpoint
}
*/
// quick and dirty: reads a line, returns it first 80 chars, skips initial spaces and empty lines
static char* getLine(FILE* f){
static char res[80];
int i=0;
while (1) {
char c=fgetc(f);
if (c==EOF) { if (i==0) return NULL; else break;}
if (c==13 ) { if (i==0) continue; else break; }
if ((i<80) && (c!=10) && ((i!=0) ||(c!=' ')) ) res[i++]=c;
}
res[i]=0; return res;
}
// Reads a Nanorex "ART" file, describing custom atom types.
bool readArtFile(const char* filename){
InitTables();
FILE* f=fopen(filename,"rb");
if (!f) return false;
while (1) {
char* line=getLine(f);
if (!line) break;
if (line[0]!='#') {
char a[100]; int b; float c1,c2; int d,e,f;
sscanf(line,"%s %d %f %f %d %d %d",a,&b,&c1,&c2,&d,&e,&f);
// Prepend single letter atom names with a space.
if (strlen(a) == 1) {
a[2] = a[1];
a[1] = a[0];
a[0] = ' ';
}
addAtomType(a,b,c1,c2,d,e,f); // addAtomType() uppercases the atom name
}
}
fclose(f);
return true;
}
float getMaxCovelentRadius(){
return 1.688f;
}
float getAtomRadius(const char* atomicElementCharP)
{
InitTables();
//std::string ss0,ss1;
string atomicElement(atomicElementCharP);
//ss0=atomicElement.substr(0,1);
//ss1=atomicElement.substr(0,2);
float rad=E2R[atomicElement];
//if(rad==0) rad = E2R[ss0];
if(rad==0) rad=1.5;
return rad;
}
float getAtomCovalentRadius(const char* atomicElementCharP){
InitTables();
//std::string ss0,ss1;
string atomicElement(atomicElementCharP);
//ss0=atomicElement.substr(0,1);
//ss1=atomicElement.substr(0,2);
float rad=E2RC[atomicElement];
//if(rad==0) rad = E2RC[ss0];
// HACK: covalent (B&S) radius of undefined atoms is defined as half the SpaceFill rad
if (rad==0) rad=getAtomRadius(atomicElementCharP)/2.0;
return rad;
}
int getAtomColor(const char* atomicElementCharP){
InitTables();
string atomicElement(atomicElementCharP);
//std::string ss0,ss1,ss2;
//size_t last=std::min(atomicElement.length(),atomicElement.find_first_of(' '));
//ss0=atomicElement.substr(0,1);
int color=E2C[atomicElement];
if(color==0)
{
// printf("color 0 for %s\n",ss0.c_str());
//ss1=atomicElement.substr(0,2);
//color = 0x000000;
}
return color+0xff000000;
}
// VERY QUICK AND DIRTY random color schema computation:
// -----------------------------------------------------
static int basecol = 1;
void ChangeColorSchema(int i){
static int index=3;
if (i==-1) i=index++;
basecol=i*1231123;
}
bool tooDark(int c){
return (c&255)+ ((c>>8)&255) + ((c>>16)&255) < 200;
}
int getChainColor(int index) {
int res = basecol * index * 35634379;
int antiloop = 0;
while (tooDark(res) && (antiloop++ < 10) ) {
res=(res + 1231) * 645633737;
}
return res;
}
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